Cuando la ciudad de Ilo se encaminaba al desarrollo, arriba al puerto de Ilo, la Orden Franciscana Canadiense de Cristo Rey del Perú, y como su representante Fray Buenaventura Durean, trae la iniciativa de crear un Centro Educativo Particular en donde se impartiría Educación Primaria y teniendo prioridad la enseñanza del idioma inglés.
Iniciada las gestiones preliminares, se reunen los Padres de Familia interesados en la existencia de este plantel . Se da inicio a las labores escolares en marzo de 1966, siendo su primer director Fray Buenaventura Durean y contando con el Personal Docente compuesto por la Reverenda Madre Teresa, posteriormente fue incrementado el personal con la presencia de la Madre Marylin Le Blanc, Madre Mónica Oliver Mongrain, Madre Ana Satuber, la Srta. Flor Vizcarra Girón, Victoria Migrivehi de Rodríguez, Silvia Gutiérrez Gonzáles. Sra. Josefina Meza de Jarufe, Efraín Vega Vargas, Narda Pacheco de Rivero.
A partir del 1ro de marzo de 1976, termina la administración del Centro Educativo de los padres franciscanos canadienses de Cristo Rey del Perú y se inicia una nueva etapa administrativa, correspondiéndole a la Asociación de Padres de Familia, la administración del Plantel, bajo la dirección de una Junta Directiva, la misma que recae en el Sr. Luis Alberto Chávez Herrera y bajo la dirección Técnico Pedagógico de la Srta. Lisoy Llerena Espinoza.
Para la iniciación de las labores escolares primarias se experdieron la resolución directoral 0600 del 02-04-66 siendo su director el Rvdo. Padre Fray Buenaventura Durean.
EL establecimiento del nivel secundadrio se debió a la expedición de la Resolución Directoral 1360 del 10-11-72, siendo el director el Rvdo. Padre Martín Bettín OFM.
Es así como el C.E "San Luis" cumple una labor educativa en este puerto, brindando una formación de líderes, de manera integral a todos los niños y jóvenes que aspiran plasmar esas grandes metas, que se hace cada uno de ellos para ser unos ciudadanos del mañana en quien la patria deposita su confianza.
El presente año, el plantel cuenta con un promedio de 700 alumnos. La Plana del Personal la conforman 75 trabajadores entre directivos, docentes y administrativos. Actualmente se encuentra bajo la Dirección del Profesor Carlos Fuentes Vizcarra.
Actualmente han egresado 29 promociones del Nivel Secundario y que hoy son profesionales y empresarios de reconocido prestigio en nuestra localidad. El Colegio San Luis, a lo largo de su historia ha cosechado triunfos departamentales, regionales y nacionales en lo académico, deportivo y artístico.
